做好苦瓜的选留种工作，是为来年夺取丰收的重要一环，其中涉及种出好瓜和选留好种两个方面。首先，要隔离防混杂。苦瓜是异花授粉作物，留种田附近最少隔2公里以外才能种其他苦瓜品种。否则不同品种之间容易自然串粉杂交，使留种不纯。其次，搞好人工辅助授粉。苦瓜开花期，遭遇阴雨天气，要进行人工辅助授粉，才能提高留种产量。
    苦瓜留种应结合采果上市同步进行。苦瓜摘收2～3次后，开始进入旺盛结果期，便可进行留种。选择生长健壮、无病虫害，结果多、瓜形端正、具有本品种特征的植株作留种株。选择靠近基部的2～3个果作种瓜。将其余的幼嫩果实及早摘除，以便集中养分供种瓜生长。当种瓜已充分成熟尚未转黄时便应采收，用刀剖开瓜蒂部深约5～7厘米，取出内部种子，果实仍可上市出售。此时瓜瓤已转鲜红色，即为成熟象征。苦瓜种子取出后，应随即用清水洗去种瓤，把苦瓜种子摊开阴干后，装入疏布袋，放在通风干爽处贮存。也可把种子用玻璃盅盛装，先在玻璃盅里放入厚3～5厘米的新鲜谷壳灰，再放入种子，上面再用谷壳灰覆盖，然后放在阴凉通风处贮存。