有机柑橘病虫害防治，应遵循防重于治的原则，从整个有机柑橘园区生态系统出发，以农业防治为基础，综合运用物理防治和生物防治措施，创造不利于病虫害发生但有利于各类天敌繁衍的环境条件，增进生物多样性，保持柑橘园区内生物平衡，减少各类病虫草害所造成的损失。 
一、加强农业技术措施 
种植防护林。选择速生且与柑橘无共生病虫的树种;选用抗病砧木，如枳、枳橙等;园内可进行间作和生草栽培，柑橘的高级种植技术选择浅根、矮秆、与柑橘无共生性病虫的豆科作物，浅根性蔬菜和禾本科牧草;加强栽培管理，如翻土、排水、修剪、清园等，减少病虫源，增强树势，提高柑橘树体的抗病虫能力。 
    二、物理机械防治措施 
应用灯光防治害虫，如用黑光灯诱杀金龟子、卷叶蛾等;利用黄色荧光灯诱杀吸果夜蛾等。利用害虫的趋化性防治害虫，如在糖醋液中加农药诱杀柑橘小实蝇、拟小黄卷叶蛾等;可用黄板诱杀蚜虫。 
三、生物防治技术措施 
保护和利用当地柑橘园中的草蛉、瓢虫和寄生蜂等天敌昆虫，以及蛙类、蜘蛛和鸟类等有益生物，减少人为因素对天敌的伤害;引入和繁殖病虫害天敌和寄生者，如人工引进放养捕食螨防治落叶蜘蛛，澳洲瓢虫防治吹绵蚧等; 保护和扩大天敌的栖息地(行间种植绿肥作物或牧草等); 允许使用生物源农药，如苏云金杆菌(BT)等微生物源农药和苦烟水剂的植物源农药。