秋季，石榴树往往会萌发许多二、三次新梢，从而使树冠枝条密集，造成通风透光不良，引起果实增大慢、着色不良，也影响内膛叶丛枝和短枝形成花芽。因此，加强秋季修剪显得尤为重要。
   1．疏枝。继续剪除密生的、徒长的、有病虫的萌枝、萌蘖。要求疏枝后树冠下的光斑均匀分布于地面上，保证果实直接见光，使内膛叶丛枝及短枝见光充足，形成花芽快。对剪下的病虫果枝采取深埋或焚烧。建议在修剪口涂愈伤防腐膜，有助于伤口愈合。
   2．剪根。石榴树衰老的表现特征之一是根系老化衰亡，因此根据石榴树结果情况，逐年进行根系修剪是十分必要的。结合秋扩穴翻施有机肥，在树冠外围挖环状或平行沟，有利于根系再生和扩大。建议在剪根后覆土时，在根上喷施新高脂膜驱避地下虫害，给树体保温。