一是培育素质良好和适当秧龄的秧苗：防止赤枯病最主要的是促使移栽后的秧苗早发和多发新根。
　　二是实时栽插，避免过早栽秧：过早栽秧由于地温回升缓慢，稻田土温低，不能满足发根的要求，新根发生缓慢，黑根多于白根，容易发生赤枯病，在正常情况下，栽秧后10—15天还不见有稻株分蘖的栽秧时间，都可以看成是过早栽插的范围。
　　三是浅水栽培，浅水灌溉：浅水灌溉比深水灌溉的泥温高，浅栽又可以使新发生新根的茎基部处于泥温较高、空气较充足的上层土壤中，有利于新根的生长。同时也有利于对钾素等养分的吸收利用。所以浅水浅栽，浅水灌溉是有利于稻株发生新根，预防赤枯病的必要措施。
　　四是栽秧后加强田间检查诊断，及时防治：除了采取以上措施外，如果土壤是由于施用了未腐熟的有机肥分解产生有毒物质，或是缺乏某些元素等原因，有可能发生赤枯病。那么为了及早查明是否开始发生赤枯病，可在移栽后7—10天将秧苗拔起，检查根的情况。如果缺磷可每亩追施过磷酸钙10—15公斤，也可以根外喷施磷酸二氢钾；缺钾的稻田可以每亩施氯化钾2—3公斤，缺锌的稻田每亩用硫酸锌2公两兑水喷雾。