生物肥料的种类很多，按其制品中特定的微生物种类分为细菌肥料、放线菌肥料、真菌类肥料、固氮蓝藻肥料等。根据其作用不同，生物肥料可分为五大类。
（1）有固氮作用的菌肥。包括根瘤菌肥料、固氮菌肥料以及固氮蓝藻等。
（2）分解土壤有机物的菌肥。包括有机磷细菌肥料和复合细菌肥料。
（3）分解土壤中难溶性矿物的菌肥。包括硅酸盐细菌肥料、无机磷细菌肥料等。
（4）促进作物对土壤养分利用的菌肥。包括菌根菌肥料等。
（5）抗病及刺激作物生长的菌肥。包括抗生菌肥、增产菌肥等。