施足基肥，越冬菠菜生育期较长，基肥必须充足。一般以有机肥和应施的全部磷、钾肥做基肥全层施入，然后整地作畦。
控施氮肥，如果播期合适，积肥充足，越冬前要适当控制氮肥的施用，防止秧苗徒长干物质和糖分积累量减少而遭受冻害。如果播种过晚或地力不足，可以考虑追施氮肥，促进秧苗生长，以保证菠菜以适宜的苗龄越冬。
返青后管理，管理的关键是抓住追肥时机。菠菜追肥随灌水进行，返青后追肥过早会降低土温影响缓苗和生长;追肥过晚会延迟菠菜的生长。越冬菠菜一般以3月中、下旬和4月上旬分两次追施较为适宜，追肥主要以复合肥等有机肥或者叶面肥加光合营养膜肥为主。