复合肥一般作底肥或种肥使用。作底肥时，在播种前，整地时施下去，一般施到耕层以下10-20厘米；作种肥时，一定要注意种肥隔离，一般施于耕层以下5-6厘米为好。 施肥要合理。施用复合肥并不是越多越好，盲目多施复合肥，不仅成本增加，而且容易产生烧种、烧苗影响作物对养分的合理吸收等问题。使用时一定要依据产品使用说明，同时结合本地区过去的施肥用量，计算出合理的施肥量。
施用复合肥并不是一劳永逸。因为复合肥虽然能大部分满足作物生长发育对各种养分的需要，但在作物快速生长期如抽穗、灌浆等时期，氮素的需求量很大，必须酌情追施氮素，否则将会对产量有很大的影响，即使复合肥的氮素原料采用长效尿素也不行。
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