沼气发酵的原料主要是人畜粪便和农作物秸秆，经过发酵后的沼液沼渣是一种优质高效的有机肥料，利用沼液沼渣作肥料，不仅大大减少了化肥的用量，而且能增强农作物的抗病能力，减少病虫害的发生。 沼液多作追肥，穴施或条施，施后盖土，有灌溉条件的地块，施用时按1：2的肥、水比例开沟浇灌，没有灌溉条件的地块可将沼液兑2倍水装入抽渣车内进行田间喷洒，一般追肥量为每亩1000公斤左右。
沼液用作叶面肥的方法是：取自正常产气1月以上的沼气池，澄清、纱布过滤。每7－10天喷施一次。作物生长季节，晴天下午最好。
施用浓度根据作物、季节、气温而定，总体原则是幼苗、嫩叶期1份沼液加1－2份清水；夏季高温，1份沼液加1份清水；气温较低，又是老叶（苗）时，可不加清水。每亩用量40千克。
喷施时，以叶背面为主，以利吸收。
沼渣多作基肥，条施或撒施，用沼渣与农家肥、田土各1/3混合深施作底肥或直接撒施田面，立即翻耕入土，亩施肥量为300公斤，它能有效增加土壤有机质含量，提高土壤保肥和蓄水能力。
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