在缺磷的土壤中适量施用磷肥，对提高农作物的产量和品质有很好的作用，但过量施用磷肥则有害无益。 一是施用磷肥过量，会使作物从土壤中吸收过多的磷素营养。过多的磷素营养会促使作物的呼吸作用大大增强，从而消耗作物体内贮存的糖分和能量。
二是诱发土壤缺锌。过量施用过磷酸钙后，会在土壤中大量形成难溶性的磷酸锌盐，使作物出现明显缺锌症状；过量施用钙镁磷等碱性磷肥后，会使土壤碱化，使锌的有效性降低，影响作物对锌的吸收，玉米白化症，水稻僵苗坐蔸等，就是由于作物底磷失锌的结果。同时，施磷过多，还会导致作物发育不良。
三是过量施磷会使作物得磷失硅。硅对许多作物的生长和高产具有十分积极作用。如喜硅作物水稻，若不能从土壤中吸收到较多的硅元素就会发生茎秆纤细，倒伏及抗病能力差等缺硅症状，而水稻缺硅症有时由于大量施磷造成的。
四是过量施磷会使作物得磷缺钼。过多施用磷肥，磷与钼之间常常会发生“强磷弱钼”现象，使作物对磷、钼都无法吸收利用。
五是造成土壤中有害元素积累。磷肥主要来源于磷矿石，磷矿石中含有许多杂质。其中包括镉、铅、氟等有害元素。而且施用磷肥会引起土壤中镉的增加，其年增长量分别为0.15％和0.08％，且这种镉有效性高，易为作物吸收，给人畜造成危害。磷肥施用量以多少为宜呢？一般来讲，即使缺磷土壤上，每亩施用量也不能超过40公斤，以30—35公斤为宜。
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