可以提供各种营养元素。化肥中只含有一种或几种营养元素，长期单一施用化肥，稻田中的某种营养元素被大量取走却得不到及时补充，会造成水稻某些营养元素严重缺乏，出现缺素症状和各种病害。而有机肥养分齐全，肥效稳而长，施用于稻田，能防止缺素、早衰和脱肥等现象。 有利于改良培肥土壤长期单一施用化肥，会造成稻田腐殖质含量逐年下降，土壤团粒结构受到破坏，土壤板结，土薄地瘦、蓄水保肥能力降低。而施用有机肥后，在微生物的作用下，一方面矿质化为作物吸收的营养元素，另一方面腐殖化为腐殖质，改善土壤的物理性状，调节土壤水、肥、气、热状况，使土壤疏松易耕，变瘦土为肥土，变坏土为好土。
有利于改良低洼冷浸田。冷浸田潜育型稻田广泛分布于冲垅谷地、库塘下部、平原和湖区的低洼地带。这些稻田施入腐熟的有机肥料，可以提高土壤的抗逆性，有利于降低土壤容重，改善土壤结构，提高土壤保蓄水肥的能力。同时还能提高土温，促使水稻早生快发，提早返青分蘖，防止僵苗的发生。
促使土壤微生物繁衍，提高化学肥料的利用率。施用有机肥后，有机质腐解能为土壤微生物的生命活动提供所需要的能量和养料；反过来，微生物活动加速了有机质的分解，可以改良土壤结构，增加土壤有机质的含量，丰富土壤养分，提高土壤肥力。有机肥在分解的过程中，能放出大量二氧化碳，并产生有机酸等物质。由于二氧化碳浓度的提高，进一步满足了作物光合作用的需要。产生的有机酸，又能使土壤中原来难溶性的无机矿物盐类和难溶性肥料加速转化，变为能被作物吸收的营养，提高了土壤中原有养分的有效性。土壤对有机肥中磷的固定较小，而且有机肥中的磷50%~60%是水溶性或柠檬酸溶性的，可与化学肥料中的磷互相溶解，加速吸收。长期的生产实践证明，土壤肥力与作物产量有着密切的关系。高肥力土壤上的作物光能利用率，比低肥力土壤高15~30倍；高肥力土壤上种植的作物比低肥力土壤早熟5~10天；高肥力土壤上作物产量可较低肥力土壤高50%~100%。所以大量增施有机肥料，保持和提高土壤肥力，对提高粮食产量和降低生产成本，具有极其重要的作用。
一些施用肥料较多、农业生产比较发达的国家，如美国、日本、德国、荷兰等，也都十分重视有机肥料的施用。在提倡生态农业的今天，更应该千方百计地积制和利用有机肥料，如收集以人畜粪尿为主的农家肥，大力发展绿肥，大搞农作物秸秆还田，推广使用沼气渣肥等，是发展现代农业，增强农业后劲，增加粮食产量的重要战略措施。
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