大棚种菜原则上采用暗灌方式进行浇灌，以减轻棚内空气湿度。但对于抗病力较强的撒播式蔬菜，如空心菜，也可采用喷灌。所谓暗灌，即在地膜下对蔬菜进行水分补充的一种灌溉方式。暗灌通常有二种方式，即渗灌和滴灌。渗灌是通过地下渗透水管道渗透出而浸润土壤，并向作物供水的灌溉方式，这种方式由于工程量大、投入成本高，目前应用较少。滴灌则是在地膜下、作物根际区设置其上打有若干小孔的管材，通过水压差将水或水肥输入作物根际的灌溉方式，这是一种节水、高效、成本投入适中的浇灌方法，近几年正在大面积推广。另外，农民还自创一种土法暗灌，它通过畦面覆盖的地膜阻止畦内水分向大棚空间蒸发，降低棚内湿度并达到浇灌目的，具体做法是将畦整成“凹”字型，“凹”字沟内插入小竹拱，小竹拱的矢尖高与畦面平，然后在“凹”字畦上覆盖地膜，灌溉时将水或水肥引入膜下小沟，让其自然渗透至作物根际。