所谓反季节蔬菜，就是避开蔬菜的正常栽培季节和市场供应期，采用特殊的栽培技术种植蔬菜的方法。如将秋季栽培的白菜、花椰菜等耐荫蔬菜通过覆盖遮阳网遮阳、降温安排在春夏季种植；春夏种植的空心菜、茄类、瓜类等蔬菜通过温室或塑料大棚栽植。四季供应市场，从而提高种菜的经济效益。因是反季节蔬菜，在肥料施用上有其一定的要求。
重施有机肥选择充分腐熟的有机肥提早在盖棚前1个月作基肥施下，施入棚室土壤中，施用量一般为蔬菜大田栽培的1~1.5倍。即每亩棚室土壤施入优质有机肥5000~7500公斤；若没有优质农家肥，也可亩施进口复合肥（N∶P2O5∶K2O=15∶15∶15）75~100公斤。结合翻耕整地将肥料施下，通过增施有机质，加厚耕作层，使土肥相融，为蔬菜生长提供充足的养分。并根据不同的反季蔬菜，确定所施肥料的合理氮、磷、钾配比，根据不同种类的蔬菜的需要量，适当补施相应的微量元素肥料。
基肥施用鸡粪或饼肥的，应事先充分发酵腐解，并提前施下，严禁在棚室内长期大量堆放有机肥，避免发酵分解出的有毒有害物质伤害蔬菜。尤其是施用鸡粪的特别要注意防止烧根、烧苗。
配合施用化肥为了避免高盐分危害反季生长的蔬菜，可将有机肥与无机化肥配合施用，但化肥的施用量不能过多、浓度不宜太大。如果棚土水分不足，施肥后，棚土内肥料浓度大，引起蔬菜细胞内水分反渗透，造成蔬菜脱水，往往使蔬菜出现萎蔫。轻者影响蔬菜的正常生长发育，重者造成反季菜的脱水型肥害而死苗。一般生长期短或以根、茎、叶为收获物的蔬菜，可用1/3~1/2的氮肥，全部的磷、钾肥及微肥作基肥。剩下的氮肥作追肥，在蔬菜生长盛期分次施用。而瓜果类的反季蔬菜可把1/3氮肥，2/3磷钾肥和全部微肥作基肥施用，其余的氮肥、磷钾肥分次作追肥施用。也可利用尿素、磷酸二氢钾进行叶面喷施，提高利用率，也可减低化肥直接施入土壤，而带来的盐分大量增加。
防止盐害发生反季蔬菜生长在大棚或温室中，常会因施肥过量，又无自然降水加以淋洗，致使棚室土壤的盐分浓度不断上升。因此，在施肥时一定要采用标准化的施用方法，确定有机肥与化肥的配比，并尽量拿出一部分肥料作叶面喷施，以减少盐分在土壤中的不断积累。对已发生盐害的地块，可以种植一些耐盐的蔬菜作物，如玉米、菠菜、南瓜、芹菜和花椰菜等，或在棚室休闲期，利用雨水冲洗或灌水泡土，带走过多的盐类物质。根系入土浅的黄瓜、辣椒、花椰菜、莴苣等喜湿润土壤的反季节蔬菜种植时，棚室灌水的次数和数量可适当增加，既可满足生长需要，又可通过灌水淋溶一部分盐分。如果棚室土壤含盐量达0.2%~0.3%，则不宜用化肥作基肥，一般不宜选用含氯化肥和易挥发的氮肥品种，尽量控制硝态氮肥，以提高反季蔬菜产品的质量。