施用有机肥对提高农作物产量和农产品品质有重要作用。然而，随着科技的进步和土壤肥力水平的不断提高，生产中已发现，过多的施用有机肥已产生了许多不良后果，不仅造成了土壤盐分累积增加，而且对土壤容重、有机质、团聚体和微生物等带来不良影响，不利于农作物的正常生长。因此，我们要科学合理施用有机肥，须注意以下三点：
1、选择优质的有机肥。
目前市场上商品有机肥的品种越来越多，但商品有机肥质量普遍不高，有些甚至掺杂了城市污泥、生活垃圾等，达不到有机质含量的标准。因此，在生产中一定要选用优质、无污染的有机肥，并经充分腐熟。如果需要购买商品有机肥，应选用正规大厂家生产的。
2、严格控制施肥量。
一般情况下，每亩每季菜地的控制量为纯鸡粪1500～2000千克或优质饼肥50～100千克，充分腐熟的优质人畜粪3500～4000千克。果实类和块茎类蔬菜作物需肥量较大，可取其上限；而绿叶菜类作物需肥量相对较小，可取其下限。
3、与生物肥配合施用。
生物肥中的生物菌能加速有机肥中有机物的分解，使其更有利于作物吸收，同时能将有机肥中的一些有害物质分解转化，避免其对作物造成伤害。一般在基施有机肥时，可每亩地配合施入生物肥150～200千克；作追施时，可每亩每次配合施入生物肥20～25千克。