近年来玉米秸秆还田技术逐步得到普及，但部分农民对这一技术掌握不够全面，应用中出现了一些问题，甚至产生负效应，部分田块出现小麦出苗率低、苗黄、苗弱甚至死苗现象。经分析，主要原因是碳氮比失调、秸秆粉碎过粗、土壤过松，生产上应加以防范。
一、防碳氮比失调。玉米秸秆碳氮比为65~85∶1，而适宜微生物活动的碳氮比为25∶1，秸秆还田后土壤中氮素不足，微生物与作物争夺氮素，麦苗会因缺氮而黄化、瘦弱，生长不良。解决办法：秸秆粉碎后，在秸秆表面每亩撒施碳酸氢铵50公斤或尿素20公斤，然后耕翻。
二、防秸秆粉碎过粗。有的地块粉碎后的秸秆过长，长度大于10厘米，不利于耕翻，影响播种。解决办法：使用马力相对较大的大型秸秆粉碎机，这样秸秆粉碎得细，而且旋耕较深，秸秆与土壤混合均匀。
三、防土壤过松。秸秆还田后，土壤过于疏松，大孔隙多，小麦种子不能与土壤紧密接触，影响发芽生长，扎根不牢，甚至出现“吊根”现象。要解决这个问题，除提高秸秆粉碎质量外，还要注意以下几个方面：⑴施足氮、磷、钾肥料。⑵提高土壤墒情。⑶提高播种质量。⑷适时镇压、浇水。小麦播种后，晾晒1天，用石磙镇压，使土壤密实。
此外，带病的秸秆不能直接还田，否则夏季玉米易发生病害。这类秸秆应销毁或高温堆腐后再施入农田。